Une course contre la montre face à la propagation du virus F a commencé. Tandis que Satoru affronte l'homme au masque à gaz, son épouse enquête sur la véritable identité de la lycéenne Aki Aioi. Chacun tente d'enrayer la catastrophe à sa façon, mais les infections mortelles continuent de se multiplier à travers le Japon. L'année 2014 marquera-t-elle la fin de notre civilisation ? Nos héros se verront-ils offrir une nouvelle chance de combattre la mystérieuse secte Tsukuyomi, qui semble à l'origine du fléau ?