Lorsque le clan Hamato est décimé, Michelangelo, la dernière Tortue vivante, disparaît de New York. Des années passent avant qu'il ne fasse son retour dans la ville, bien décidé à venger la mort des siens. Mais que s'est-il passé au cours de ces années ? Quelles épreuves Mikey a-t-il dû endurer ? Comment est-il devenu ce ninja brutal qui ne fait aucune concession ? Du Japon à l'Europe en passant par la Mongolie, suivez les étapes qui ont mené à l'ascension du dernier Ronin. En parallèle, dans le présent, une nouvelle génération de Tortues Ninja est apparue. Mais leur formation ne sera pas de tout repos pour April O'Neil et sa fille…