Un an s'est écoulé depuis l'attaque du Fugaku. Désormais, la section TaPs est officiellement en activité. Or, voilà qu'une nouvelle créature paranormale fait son apparition à Tokyo. Tout porte à croire qu'il s'agit du premier spécimen identifié, surnommé Orochi, à son stade juvénile. Mais cette fois, le kaijû semble profiter des ténèbres de la nuit pour s'aventurer en zone habitée.